Визначити, заразний кліщ впився чи ні, Неможливо. Їх зовнішній вигляд і забарвлення не залежить від того, заражені вони або ні. Якщо вкусив інфікований кліщ, своєчасне лікування може врятувати життя потерпілого Перші симптоми виявляються через 2-3 години як почервоніння шкіри.
Клінічні прояви кліщового енцефаліту різноманітні, перебіг варіабельний. Хвороба часто починається гостро, з ознобу та підвищення температури тіла до 38–40°С. Гарячка триває від 2 до 10 днів. З'являються загальне нездужання, різкий біль голови, нудота і блювання, розбитість, стомлюваність, порушення сну.
Зазвичай у місці присмоктування кліща немає ніяких змін. Інкубаційний (прихований) період триває від 2 до 21 днів. Ознаки енцефаліту з'являються через цей час.