Офіційно причиною смерті Годунова було названо апоплексичний удар (інсульт). Вік царя на той час був солідним. Він часто хворів, а останні роки жив у постійній нервовій напрузі. Ймовірно, Борис справді помер від природних причин, але довести чи спростувати це вже неможливо.
Після арешту патріарха Іова на подвір'ї Годунових з'явився зі стрільцями Василь Голіцин і наказав убити Федора; при цьому з ним були князь Мосальський, дяки Молчанов та Шерефедінов.
Ще однією проблемою став стан здоров'я Бориса Годунова, скарги на які з'явилися вже в 1599 році. Згодом краще не ставало. 13 квітня 1605 року цареві стало погано, він зомлів і незабаром помер у віці 53 років.