Інкубаційний (прихований) період триває від 2 до 21 днів.. Ознаки енцефаліту з'являються через цей час. Коли вірус проникає в кров, з'являються симптоми енцефаліту, що нагадують грип: втома, стомлюваність, слабкість, зниження апетиту, може бути ломота в кістках, підвищення температури.
Інкубаційний період кліщового енцефаліту іноді досягає 21 день, але в середньому продовжується від 10 днів до двох тижнів. У разі потрапляння вірусу через заражені продукти він коротшає і становить лише кілька днів (не більше 7).
До симптомів енцефаліту відносяться:
- головний біль;
- блювання;
- нудота;
- ломота та біль у суглобах;
- висока температура тіла (понад 38 градусів Цельсія);
- сплутаність свідомості;
- сонливість;
- дезорієнтація;
Інкубаційний період при зараженні через укус кліща триває 5 – 25 днів, у середньому 1 – 2 тижні. При харчовому зараженні скорочується до 3 днів. Хоча є випадки коли інкубаційний період становив 1 день або навіть 40 днів. Симптоми кліщового Енцефаліт дуже різноманітні, їх поєднання залежить від форми хвороби.