ЕФГДС проводиться натще, тому важливо припинити прийом їжі та напоїв не менше ніж за 7 годин до дослідження. Не слід також жувати жувальну гумку та палити. Якщо дослідження проводиться після 14 години, можливий легкий сніданок до 7 годин (чай, шматочок булки).
Перед проведенням гастроскопії рекомендовано зробити ЕКГ та здати аналізи: клінічний аналіз крові, групу крові та резус-фактор, аналіз на ВІЛ, сифіліс, гепатити В та С.
Якщо діагностика спланована на ранковий час, від їжі потрібно буде відмовитися від вечора. Заборонено вживати навіть продукти, які швидко перетравлюються. Підготовка до гастроскопії вранці виключає прийом рідин. За 3-4 години до діагностики можна випити не більше половини склянки води.