Місто Молога розташовувалося на абсолютних висотах від 98 до 101 м. Згідно з початковим планом затоплення, у Мологи був шанс залишитися неушкодженим: передбачуваний рівень майбутнього водосховища розташовувався на позначці 98 м. Але згодом було вирішено підвищити потужності Рибінської ГЕС.Mar 6, 2018
За первісним проектом вона мала залишитися на поверхні, але під час будівництва було прийнято рішення підняти рівень майбутнього водосховища на 4м, що стало фатальним для міста. І, як стверджується, зроблено це було лише заради того, щоб потужність Рибінської ГЕС збільшилася з 220 до 330 МВт.
Ця споруда мала вирішити дві великі завдання: забезпечити Місто Москву водою (її на той момент вже не вистачало) і зв'язати Волгу з Москвою-річкою для транспортного сполучення.
13 квітня 1941 року місто, що налічує на той час 6100 жителів, спорожніло, всі будівлі були перенесені або зруйновані. Було перекрито отвір греблі. Води приток Волги — Шексни та Мологи затопили 700 населених пунктів Найвищі будинки міста — церкви — перед затопленням знесли підривники.