У давнину катакомби використовувалися для здійснення релігійних обрядів та поховання померлих. Пізніше вони використовувалися партизанами під час Великої Великої Вітчизняної війни. Аджимушкайські каменоломні містили близько 10 000 бійців і біженців. Багато хто з них помер і був похований там же.
Перші підземні каменоломні почали виникати у першій половині ХІХ століття, під час бурхливого будівництва Одеси, Як джерело недорогого будівельного матеріалу – черепашника (ракушняка, більш вірна назва – "понтичний вапняк").
При деформації катакомб страждають не тільки споруди на поверхні, а й відбуваються розриви мереж водопроводу та каналізації, що призводить до попадання великого об'єму води у ґрунт і ще більше збільшує масштаби деформацій.
Поховання в катакомбах утворилися із приватних земельних володінь. Римські власники влаштовували на ділянці, що належала їм, одиночну. могилу, або цілий сімейний склеп, куди допускали своїх спадкоємців та близьких, докладно позначаючи коло цих осіб та їх права на могилу.