Електронний підпис зберігають на зовнішніх носіях або в пам'яті комп'ютера.
Кваліфіковану електронний підпис, як правило, можна зберігати на спеціалізованому засобі криптографічного захисту інформації (СКЗІ), Flash-карті, жорсткому диску цифрового пристрою або комп'ютера, в реєстрі цифрового пристрою або комп'ютера.
Де на жорсткому диску знаходиться сертифікат У реєстрі OS Windows (для версії 32 біта це папка HKEY_LOCАL_MАCHINE\SOFTWARE\ CryptoPrо\Setting\Users\(ім'я користувача ПК)\Keys\, а для версії 64 біта це директорія HKEY_LOCAL_MАCHINE\SOFTWARE\W ім'я користувача ПК)\Keys.
Токен – це пристрій в вигляді USB-флешки, призначене для безпечного зберігання електронних ключів та інформації про власника електронного підпису.